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新公司是否需要将数据库和系统分开部署在两个服务器上，取决于多个因素，包括业务需求、性能要求、预算限制以及未来的扩展性。总体来说，如果预算允许且业务对性能和安全性有较高要求，建议将数据库和系统分开部署在不同的服务器上。
首先，从性能角度来看，数据库和应用系统的资源消耗特性不同。数据库通常需要大量的磁盘I/O、内存和CPU资源来处理查询、写入等操作，而应用系统则更依赖于网络带宽、CPU和内存来处理用户请求和业务逻辑。如果将两者部署在同一台服务器上，可能会导致资源竞争，尤其是在高并发场景下，数据库的响应时间会受到影响，进而影响整个系统的性能。因此，将数据库和应用系统分开部署可以有效避免这种资源争用问题，确保每个组件都能获得足够的资源支持。
其次，从安全性和稳定性角度考虑，数据库通常存储着公司的核心数据，如用户信息、交易记录等敏感数据。将数据库与应用系统分开部署，可以在物理层面增加一层隔离，减少潜在的安全风险。例如，如果应用服务器受到攻击或出现故障，数据库服务器仍然可以保持独立运行，不会直接受到影响。此外，数据库服务器可以配置更为严格的安全策略，如防火墙、访问控制等，进一步提升数据的安全性。
再者，分开部署有助于未来的扩展和维护。 由于业务的发展，数据库和应用系统的负载可能会不断增加。如果它们部署在同一台服务器上，后续的扩展将变得复杂，可能需要整体迁移或升级硬件，这不仅增加了成本，还可能带来停机风险。而分开部署后，可以根据实际需求分别对数据库服务器和应用服务器进行横向或纵向扩展，灵活性更高，成本也更低。
然而，分开部署也会带来一些额外的成本，包括购买更多硬件设备、增加运维复杂度等。对于初创公司或预算有限的企业来说，初期可以考虑使用云服务提供商的解决方案，如AWS、Azure等平台提供的托管数据库服务（如RDS），这样可以在不增加过多硬件成本的前提下实现数据库与应用系统的分离。由于业务增长，再逐步迁移到自建的物理服务器上。
总之，将数据库和应用系统分开部署虽然会增加一定的成本，但在性能、安全性和可扩展性方面具有明显优势。特别是对于那些对数据安全和系统性能有较高要求的企业，分开部署是更为合理的选择。