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阿里云上运行Java应用连接MySQL数据库时，所需的内存大小主要取决于应用程序的复杂度、并发请求的数量、数据集的大小以及所使用的缓存机制等因素。通常情况下，对于中等规模的应用，建议至少分配2GB至4GB的内存给Java虚拟机（JVM），同时为MySQL服务器预留1GB至2GB的内存。
具体来说，Java应用和MySQL数据库的内存需求可以从以下几个方面来考虑：
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Java应用的内存需求：Java应用的内存消耗主要包括JVM堆内存、非堆内存（如元空间）以及其他开销（如线程栈）。对于简单的应用，1GB的堆内存可能已经足够；而对于复杂的应用，尤其是那些处理大量数据或高并发请求的应用，可能需要更多的内存，例如4GB甚至更多。此外，如果应用使用了缓存技术（如Ehcache或Redis），还需要额外考虑这部分的内存消耗。
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MySQL的内存需求：MySQL的内存使用主要受其配置参数的影响，特别是
innodb_buffer_pool_size（用于缓存InnoDB表的数据和索引）、query_cache_size（查询缓存大小，虽然在新版本中已逐渐弃用）、tmp_table_size和max_heap_table_size（临时表的最大大小）等。对于大多数应用场景，将innodb_buffer_pool_size设置为系统总内存的50%到75%是一个合理的起点。这意味着，如果你的服务器有8GB的内存，那么可以考虑将这个值设为3GB到6GB之间，具体取决于其他服务的内存需求和数据库的工作负载。 -
系统和其他服务的内存需求：除了Java应用和MySQL数据库之外，操作系统本身以及任何其他运行的服务（如Web服务器、日志服务等）也会占用一定的内存。因此，在规划内存分配时，应该留出足够的余地以确保系统的稳定运行。
综上所述，合理评估并分配内存资源是保证应用性能和稳定性的重要步骤。在实际部署过程中，可以通过监控工具（如Prometheus、Grafana等）持续监测应用和数据库的内存使用情况，根据实际情况调整配置，以达到最优的资源利用效率。