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在低配置服务器上安装Windows Server 2012 R2通常会比安装Windows Server 2016更快，且运行性能更优。这是因为Windows Server 2012 R2对硬件的要求相对较低，而Windows Server 2016在功能增强的同时，也增加了对系统资源的需求。
具体来说，Windows Server 2012 R2的最低系统要求是1.4 GHz或更快的处理器、512 MB（建议2 GB）的RAM以及32 GB的可用硬盘空间。相比之下，Windows Server 2016的最低系统要求则提高到了1.4 GHz或更快的处理器、2 GB（建议8 GB）的RAM以及32 GB的可用硬盘空间。这些差异意味着，在相同的低配置环境下，Windows Server 2012 R2能够更高效地完成安装过程，并在安装后提供更为流畅的使用体验。
此外，Windows Server 2016引入了许多新特性，如Nano Server、容器支持、存储空间直通等，这些功能虽然强大，但同时也需要更多的计算资源来支持。因此，在低配置服务器上，这些额外的功能可能会导致系统启动时间延长，以及运行时的性能下降。相反，Windows Server 2012 R2虽然在某些方面不如2016版本先进，但在资源利用上更加精简，更适合在有限的硬件条件下运行。
然而，选择操作系统时还需考虑其他因素，例如安全性、技术支持周期以及应用兼容性等。Windows Server 2016在安全性和现代应用支持方面有显著提升，如果这些因素对于您的业务至关重要，那么即使在低配置服务器上，也值得考虑升级或增加硬件配置来满足需求。
综上所述，如果您当前的服务器配置较低，且主要关注于系统的安装速度和运行效率，那么选择Windows Server 2012 R2将是一个更为合适的选择。但如果您的业务需求对最新技术和安全性有较高要求，那么可能需要权衡硬件升级的成本与收益，以决定是否采用Windows Server 2016。