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在CentOS系统上安装并配置宝塔面板后，原来的网站通常仍然可以正常使用。不过，这取决于几个因素，包括原有网站的配置方式、宝塔面板的安装配置以及两者之间的兼容性。
首先需要明确的是，宝塔面板本质上是一个服务器管理工具，它可以帮助用户更方便地管理和配置Web服务、数据库等资源，但并不会自动覆盖或删除已有的数据和服务配置。 安装宝塔后，原有的网站文件和数据库不会被自动删除或修改，这意味着理论上讲，只要原有的配置没有被更改，网站应该能够继续正常运行。
然而，在实际操作中，有几个方面需要注意：
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域名解析与站点配置：如果原来的网站是通过Apache或Nginx等Web服务器软件直接配置的，那么在安装宝塔面板后，建议通过宝塔的界面重新配置这些站点。虽然宝塔面板支持导入现有的配置，但手动检查和调整可以确保一切设置正确无误，避免因配置冲突导致的问题。
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服务端口冲突：宝塔面板默认使用8888端口作为管理后台，而其他服务（如Web服务）可能会使用不同的标准端口（例如80或443）。安装宝塔前，请确认这些端口未被占用，或者在安装过程中选择其他可用端口。如果存在端口冲突，可能需要调整相关服务的监听端口。
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环境依赖：某些网站可能依赖特定版本的PHP、MySQL或其他组件。宝塔面板提供了多种版本的软件供用户选择安装，安装时应根据原网站的实际需求来选择合适的版本，以保证网站功能不受影响。
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备份数据：无论何时进行重大变更，比如安装新的管理工具或更新系统配置，都强烈建议事先做好完整的数据备份。这样即使出现意外情况，也能迅速恢复至变更前的状态。
综上所述，只要谨慎处理上述提到的几个关键点，尤其是在配置迁移和环境适配方面多加注意，使用宝塔面板管理CentOS服务器上的原有网站通常是安全可行的。