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在阿里云上对Linux系统进行重装时，默认情况下，/home、/data等数据目录下的数据会被保留，但建议在操作前备份重要数据。这一设置旨在帮助用户在重装系统后，能够快速恢复业务运行，而无需担心数据丢失。
具体来说，阿里云提供的系统重装服务允许用户选择是否保留数据盘上的数据。当您选择“保留数据”选项时，系统会确保在重装过程中不删除这些指定的数据目录中的文件。然而，系统盘（通常为根目录 /）的内容会被新的操作系统覆盖，这意味着系统设置、应用程序以及系统盘上的其他文件将会被新安装的系统所替代。因此，如果您有自定义的系统配置或安装了特定的应用程序，这些内容将不再存在，需要在新的系统环境中重新配置或安装。
此外，值得注意的是，虽然阿里云提供了保留数据的功能，但在网络环境复杂多变的情况下，仍有可能出现意外情况导致数据丢失。因此，强烈建议在执行系统重装之前，使用阿里云提供的快照功能或其他方式备份重要的数据。通过创建数据盘的快照，即使在重装过程中发生意外，也可以通过快照快速恢复数据，从而最大限度地减少潜在的损失。
总结而言，阿里云的系统重装服务设计时考虑到了用户的实际需求，尽可能地保护用户的数据安全。但是，任何涉及系统级别的操作都存在一定的风险，因此，采取预防措施，如数据备份，是保障数据安全的重要步骤。在完成系统重装后，也建议及时检查数据完整性，确保所有关键信息均未受损。