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阿里云搭建网站时，选择操作系统主要取决于网站的具体需求、开发环境和运维团队的熟悉程度。常见的操作系统包括Windows和Linux，其中Linux系统更为推荐，尤其是对于中小型企业和个人开发者。
Linux系统，尤其是CentOS和Ubuntu，是阿里云上搭建网站的首选。 它们具有开源、稳定、高效和安全的特点，适合运行大多数开源软件和Web服务器，如Apache、Nginx等。CentOS以其稳定性和长期支持著称，适合对系统稳定性要求较高的场景；而Ubuntu则以更新频繁、社区支持广泛为优势，适合需要快速迭代和开发的项目。
选择Linux系统的原因主要有以下几点：
- 成本效益：Linux系统是开源的，无需支付额外的授权费用，降低了运营成本。
- 灵活性：支持多种编程语言和开发框架，如PHP、Python、Node.js等，适合多样化的开发需求。
- 安全性：Linux系统在安全性方面表现优异，漏洞修复和更新速度较快，能够有效防范网络攻击。
- 社区支持：拥有庞大的开发者社区，遇到问题时可以快速找到解决方案。
如果网站是基于.NET框架开发的，或者需要运行Windows特定的应用程序，则可以选择Windows Server系统。Windows Server提供了图形化界面，更适合不熟悉命令行操作的运维人员，但其授权费用较高，且对硬件资源的需求更大。
在选择系统时，还需考虑网站的规模、访问量、开发语言和团队的技术栈。 对于高并发、高性能需求的网站，Linux系统更具优势；而对于依赖Windows生态的网站，则需选择Windows Server。
总之，阿里云搭建网站时，Linux系统（如CentOS或Ubuntu）是更通用和推荐的选择，而Windows Server则适合特定需求的场景。合理选择操作系统，能够为网站的稳定运行和高效开发提供坚实的基础。